В 4 веке нашей эры христианство прочно утвердилось в Грузии, но столкнулось с серьезными угрозами со стороны внешних врагов, таких как персы, арабы, турки и монголы. Эти враги стремились разрушить христианские верования Грузии и изменить ее религию, и таким образом было убито много людей. В 1226 г. жители Тбилиси подверглись жестокому нападению в знак протеста против правления султана Джалалуддина Хорезмшаха, и 100 000 человек, включая детей, были зверски убиты. Также каждый год 31 октября и 13 ноября в Грузии проходит память мучеников тех дней. В 13 веке монголы убили тысячи людей, а в 16 веке шах Аббас Сефеви таким же образом убил тысячи людей.
С началом 19 века и русским господством в Грузии Грузинская Православная Церковь была вынуждена слиться с Русской Православной Церковью. После обретения Грузией независимости в 1917 году была образована Независимая Грузинская Православная Церковь. В 1977 году Сирион II был избран первым архиепископом Грузинской православной церкви после обретения независимости и главой официальной pелигия в Грузии, и с тех пор Илия II является ее лидером.